Kostol stavali v dvoch fázach. Pôvodný menší, ktorý postavil Krištof Erdődy roku 1618, slúžil väčšiemu, postavenému Gabrielom Erdődym a jeho manželkou roku 1647, ako sanktuárium. Z pozostalých ruin možno usudzovať na ranobarokový sloh. Kostol bol dlhý 52 m,široký 12,9 m a výška veže presahovala 30 m. Za posviacky mal kostol osem oltárov. Hlavný oltár bol zasvätený sv. Kataríne, poňom nasledoval oltár Panny Márie, sv. Františka, sv. Antona Paduánskeho, sv.Štefana kráľa, sv. Kríža, sv. Barbory a vľavo od vchodu zpod veže bola kaplnka Panny Márie, vyzdobená maľbami aštukami, pod ktorou mala rodina Labšanských rodinnú hrobku. Na chóre bol oltár sv. Jána Nepomuckého. Oltáre boli zväčša drevené, sochy z dreva a sadry, niektoré pozlátené. Dva oltáre sú dnes v jablonickom kostole a je pravdepodobné,že i lavice tohto kostola sú zo sv. Kataríny. Kostol bol vyzdobený maľbami aštukami, z ktorých sa zachovali len fragmenty. Dlažba bola z veľkých kamenných štvorcových platní, hrubých 3 cm.
Okrem rodiny Labšanských pochovávali v hrobke aj Erdődyovcov; roku 1736 nitrianskeho biskupa Adama Erdődyho. Po zrušení kláštora vykradol hrobky Štefan Hideghéty v spolupráci s trnavským stolárom Michalom Rusnakom aŠtefanom Neilingerom. Ukradnuté striebro vážilo 18 a pol uncie. Páchateľov vypočúvala sedes dominalis – panská stolica a trnavský magistrát 18.- 20. septembra 1973. Kanonická vizitácia dechtickej farnosti arcibiskupa Baťániho z roku 1782 poznamenáva,že hrobky kostola sv. Kataríny v Dechticiach nie sú stavané v súlade s kráľovským nariadením o hrobkách, ale v tomto prípade sa nedá už nič robiť, lebo kostol je postavený v skale. (ide o nariadenie Jozefa II. o poviných dvoch východoch z hrobky). Nad hrobkou bol kameň soštyrmiželeznými kruhmi s nápisom:
LeX vvIt fata IVbent, hIC stlrps ErDőDIa sIste, qVo Debes IbIs, sors ea fInIs erIt.
Na veži kostola boli štyri zvony. Najväčší venoval gróf Gabriel Erdődy, jágerský biskup, druhý gróf Anton Juraj Erdődy a dva menšie dal uliať kláštor sám. Pod vežou boli tri vchody. (existujú dodnes) Na rohoch veže okolo kupoly stáli štyri kamenné sochy františkánov. Roku 1905 ich nechal gróf Pálfi zložiť a previesť do Smoleníc, kde stoja pri pálfiovskej rodinnej hrobke.
Pred vchodom do kostola stálo do polkruhu sedem kaplniek: sv. Kríža, sv. Anny, sv. Antona Paduánskeho, Panny Márie, Najsvätejšej Trojice, sv.Štefana kráľa a sv. Magdalény. V strede, vysunutá z polkruhu bola kaplnka Panny Márie Loretánskej, ktorá mala vežičku so zvonom. Oltáre kaplniek boli drevené i kamenné a niektoré sochy boli pozlátené. Kaplnky postavili z milodarov okolitých dedín (pásikárov). Napríklad 8.apríla 1701 žiadalo bratstvo sv. Františka z Dolnej Krupej o podporu v Trnave na stavbu kaplnky a oltára na Katerinke. Pri lese stál kamenný kríž so sochami sv. Jána a Panny Márie, ktorý roku 1811 nechal gróf Erdődy previesť pred kostol do Dechtíc. Obnovili ho v roku 1861. Vedľa kaplnky sv. Antona bol cintorín, kde pochovávali svetskýchčlenov konventu a pútnikov. Regálne právo hostinca, ktorý stál neďaleko kláštora, patrilo zemepánom Erdődyovcom.
Bratislavský rytec Gottlob Rugendas zakresľuje kláštor sv. Kataríny na mape františkánskych kláštorov mariánskej provincie z roku 1743 s dvoma kvadratúrami. Jedna kvadratúra bol vlastný kláštor, druhá noviciát – Korabinský oňom vraví,že bol len pre Slovákov.
Opis interieru kláštora zachoval P. Jedlička vo svojej maďarskej knihe o malokarpatských pamätihodnostiach. Jedáleň bola vydláždená mramorom. Dolná chodba mala sedemnásť oblokov a dvojitými dverami sa z nej vychádzalo do záhrady. Na poschodie viedli dve schodiská po 23 schodoch. Izby mali klenby, na poschodí ich bolo päťdesiat, okná boli z malých okrúhlych tabuliek. Pece boli stavané zo zelených kachličiek (habáni v Dechticiach). Na poschodí bolo oratórium pre zakladateľa a vo vežičke nad ním menší zvon. Kláštor malštyri sýpky a sušiareň na ovocie. Z dielní sa spomínala krajčírska a stolárska. Studňa v blízkosti kláštora mala 12 siah a viedol z nej vodovod do kláštornej kuchyne. Zrub bol z veľkýchštvorcových kameňov a mal drevenú striešku. Okolo roku 1700 žiadal kláštor kanoníka Kovačóciho v Trnave o poslanie majstra na opravu studne.
Hoci vonkajšia kostra kostola stojí zhruba dodnes, z kláštora zostala len južná časť, stavaná z kameňa a úlomkov pálenej tehly. Severnáčasť bola prevažne z pálenej tehly, ktorá sa po zrušení kláštora použila ako stavebný materiál. Kláštor mal veľkú ovocnú záhradu, ohradenú múrom a jejšľachtené stromy – prevažne jablone – boli známe v Uhorsku už v 17. storočí. V doline bol rybník (26×16 siah) patriaci kláštoru a priňomďalšia ovocná záhrada (65×20 siah).
Podľa dechtickej kanonickej vizitácie z roku 1782 malo byť v kláštore 35 františkánov (v zmysle kráľovského nariadenia), v tom roku ich bolo však len 33 (19 kňazov, 3 frátri, 1 laik a 10 novicov). Rehoľnícižili zo základiny a z milodarov. Fundácie roku 1782 predstavovali 6477 zlatých, ktoré venovali Erdődyovci, rodina Labšanských a iní na zádušné omše. Z väčšiny fundácií však kláštor dostával len určitý úrok. Menšími fundáciami pamätali na kláštor aj obyvatelia okolitých dedín (Dechtice, Kátlovce), ba aj Trnavčania. Pozemky kláštor neobrábal, vylučovali to zásadyžobravého rádu.
